页面加载中...

PCR十大常用网站+常用软件 - 绝对值得收藏

2017-10-22 17:33:47 由 lzy5151 发表 211

PCR作为老生常谈的一种实验技术,对实验新手而言却仍是一个不小的挑战,比如引物的设计、预测脱靶效率、PCR中的疑难杂症等等,其中任何一个问题都会让他们头疼一阵了。而本文推荐的PCR十个常用网站和常用软件基本囊括了PCR全方位攻略,你想知道的都可以在这里找到答案。


PCR十大常用网站


 

1.Primer3 


网址:http://primer3.sourceforge.net/webif.php


PCR十大常用网站1.jpg


Primer3是一个非常简单却高效的引物设计在线软件。你只需在目标序列中粘贴DNA序列后点击搜索即可。其中,可通过多种方式来对结果进行筛选,包括PCR产物的大小、引物大小、Tm范围和其他参数。同样,还可使用Primer3来设计用于PCR-ELISA的杂交探针和其他基于探针的PCR引物设计。 


 

2.NCBI


网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/


PCR十大常用网站2.jpg


NCBI网站的用途远不止于搜索文献和BLAST。在Primer Blast中,可搜索到合适的引物对(该功能类似于Primer3)或者在输入特异性引物序列后,利用Primer Blast来检测其特异性,进而减少非靶向扩增。在全基因组DNA中,如果你想扩增多基因家族中的一个基因,那么对靶基因的引物进行blast会提高PCR反应的特异性。且该方法也可扩增质粒上的靶标,并降低产生非特异性PCR产物的风险。

 

 

3.Serial Cloner


网址:http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html


PCR十大常用网站3.jpg


如果你需要定期进行PCR和克隆,那么这个软件绝对值得拥有,可下载适用Mac和Windows操作系统的免费软件。一旦你安装了程序并保存了你的DNA和引物序列,就可以运行虚拟PCR,查看限制性位点,进行酶切测试(甚至可以添加你的分子量标记来了解你的琼脂糖凝胶应该如何看待!),执行序列比对等等。Serial Cloner还可用来制作能放在PPT甚至文章中的克隆质粒图谱。


 

4. Integrated DNA technologies


网址:https://sg.idtdna.com/country.aspx


PCR十大常用网站4.jpg


尽管这不是一个只针对PCR的网站,但是可以在其中找到很多非常有用的工具来帮你操作PCR反应和实时PCR实验。比如,计算引物和扩增子的一般性质或者依据具体需求来设计特异性的寡核苷酸等。值得一提的是,该网站还会提供一些稀释底物方法,以解决实验中琐碎的稀释计算方法。

 

 

5.Gene Quantification Page


网址:http://gene-quantification.info/


PCR十大常用网站5.jpg


这个网站是由创建qPCR相对定量Pfaffl法的Michael P.Pfaffl编辑的,对于qPCR实验新人来说,可能是一个很好的资源。在这里,可以找到有关qPCR的所有知识,包括qPCR新的应用方法、定量算法、循环参数、试剂盒、染料等等。除此之外,许多商业和学术机构都在qPCR平台上对他们的产品以及实验方法做了非常详细的概述。


 

6.Saccharomyces genome database


网址:http://www.yeastgenome.org/


PCR十大常用网站6.jpg


该网站对酵母的相关研究方法进行了优化,在Analyze这一栏中,点击Design Primers即可针对酵母基因设计PCR引物。同样点击该栏目下的Restriction Mapper可简单快速地分析酵母基因组的酶切位点,为后续构建基因表达载体打下基础。另外,Webcutter也是一个常用于分析基因酶切位点的在线软件。

 

 

7.Rest 2009 Real-Time Quantification software 


网址:http://rest.gene-quantification.info/


PCR十大常用网站7.jpg


该软件是由Michael P.Pfaffl和Qiagen共同研发的,是实时PCR(Realtime PCR)原始数据量化的重要资源。要访问该软件,首先需要在Qiagen网站上(https://www.qiagen.com/cn/loginscreen.aspx?ReturnUrl=%2fcn%2ffeedbackform%2fsurveyform%2frest%2f%3fakamai-feo%3doff)创建一个登陆名并选择使用的PCR仪器,该软件会应用数学模型,来预测靶基因和内参基因的PCR效率。

 

 

8.LinRegPCR


网址: http://www.hartfaalcentrum.nl/index.php?main=files&fileName=LinRegPCR.zip&description=LinRegPCR:%20qPCR%20data%20analysis&sub=LinRegPCR


PCR十大常用网站8.jpg


在从荷兰的学术医疗中心(AMC)免费下载适用于Windows操作系统的版本后,可从扩增曲线的斜率来估算PCR效率。该软件这适用于使用SYBR标记或其他荧光探针的qPCR反应,并且能与所有qPCR仪器的数据兼容。对PCR效率进行可靠的估算可避免多次优化标准曲线,节省qPCR实验操作的大量时间。

 

 

9.ResearchGate


网址:https://www.researchgate.net/


PCR十大常用网站9.jpg


该网站有些像研究者们专属的Facebook,方便研究者联系和跟踪同事,上传发表论文同时也可积极参与研究相关主题的讨论。在该网站注册登录后,查看PCR板块就可以询问到与PCR相关的任何问题,最重要的是此网站中对问题的答复都非常迅速,即便你是个完完全全的PCR新手,也能从中获取很多有关PCR操作的建议和讨论。

 

 

10.Protocol Online


网址:http://www.protocol-online.org/


PCR十大常用网站10.jpg


这个网址类似于Research gate的Q&A部分,尽管该网站界面看起来有些简单粗糙,但确是一个protocol集中营,可帮助实验菜鸟解决疑难杂症。其中很多内容均是基于用户体验的,且囊括了很多有关实验方面的问题及答案,因而解决问题时应择善从之,符合或最接近自身实验条件的才是最好的实验protocol。


PCR常用软件


PCR十大常用网站11.gif


NoePrimer 3.0

独特的引物设计软件

Primer Premier 6.23 DEMO

序列分析与引物设计,非常棒的一个软件。

Oligo 7.60 Demo

引物设计分析著名软件,主要应用于核酸序列引物分析设计软件。

Primer D'Signer 1.1

免费的引物设计辅助软件,专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体,简化引物设计工作。

Array Designer 4.43 Demo

DNA微阵列(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。

Beacon Designer 8.14 Demo

实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。 

NetPrimer

JAVA语言写成的免费引物设计软件,用IE打开运行。

e-PCR 2.3.12

电子克隆是一种电脑软件,用来识别DNA序列标签位点(STSs)。

FastPCR 6.5.55

快速设计各种类型PCR引物,还包括一些常用的DNA与蛋白序列软件工具;

PerlPrimer 1.1.21

一个免费的用来设计引物的开源软件。

AmplifX 1.7.0

设计与管理引物的软件。

AutoDimer 1.0

快速筛选二聚体引物软件。

ORFprimer 1.6.4.1

JAVA语言设计的引物设计软件

Primer Prim'er 5.6.0

Flash制作的PCR引物设计软件。

PCR Analyzer 1.02

实时RT-PCR反应中估算初始扩增子浓度软件

PCRTiler 1.42

Tiled和Specific PCR引物设计软件

PrimerFactoryQt 1.0.3

引物查找和设计软件

在线工具

DNAWorks 3.0

是一个帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。 程序仅需要输入一些简单的信息,比如,目标蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的温度。程序输出的为适合所选择生物表达的优化密码子的核酸序列。利用DNAWorks的帮助,用两步PCR法,可以成功合成长度达到3000碱基对的基因。原始网站。

Primer 3

比较有名的在线引物设计程序。

Primo Pro 3.4

在线PCR引物设计java系列软件。

SGD Web Primer

在线引物设计软件。

AutoPrime

快速设计真核表达实时定量PCR引物在线软件。


(转载自:解螺旋·临床医生科研成长平台。部分内容未知来源,仅供分享之用,版权属于原作者。如涉及版权问题,请与小编联系。